Спорът за установяването на българската национална черква продължава 40 години. Най-напред е поставено искането на българския народ сам да избира свещениците си, които да са от българска националност. Първите градове, които изразяват това желание, са Скопие и Самоков през 1833 година. На тези желания остро се противопоставя Вселенската патриаршия. Изискването за български свещеници и владици се допълва с отслужване на собствена литургия на български език и изграждане на училища. Гръцките свещеници и владици в българските епархии често са прогонвани със сила. Това става в много градове на Тракия, Македония и Мизия.
На 28 февруари 1870 година султанското правителство издава ферман, с който узаконява обособяването на българска черковна йерархия (наречена „екзархия“) от Цариградската патриаршия. По силата на султанския ферман и екзархийския устав, изработен от църковно-народния събор, свикан в Цариград през 1871 г., Българската екзархия е призната за официален представител на българската нация в Османската империя.
В устава и са утвърдени 2 начала:
- съборност (участие на духовници и вярващи в черковното управление) и
- изборност.
Свиканият на 12 февруари 1872 г. Временен съвет на Екзархията избира за пръв български екзарх ловчанския митрополит Иларион. Този избор обаче не е одобрен от Високата порта и на 16 февруари същата година Иларион Ловчански подава оставка и на негово място е избран видинският митрополит Антим I.
Цариградската патриаршия от своя страна се обявила против образуването на Българската екзархия и на 16 септември 1872 г. я обявила за схизматична, тъй като не признавала върховенството на патриарха. Някои съвременни православни богослови и историци се опитват да ревизират историческото значение на борбата за църковна независимост, интерпретирайки я като несъвместима с църковните канони (изпадането в схизма).
До освобождението на България от османско владичество екзархията съдейства за обединяването на българските земи и ръководи просветното дело в тях. Тя води борба против западната католическа пропаганда, която се стреми да насажда своето влияние сред българския народ. След обявяването на Руско-турската освободителна война 1877 – 1878 г. екзарх Антим I е свален от своя пост и заточен в Мала Азия заради неговата патриотична дейност и проявени симпатии към Русия.
За нов екзарх е избран ловчанският митрополит Йосиф I.
