Служебният вътрешен министър Бойко Рашков е подозиран във връзки със заподозрян за участие в убийството на бившия премиер Андрей Луканов. Това става ясно от архивите на вестниците от края на 90-те години. На 24 юни 1999 г тогавашният министър на вътрешните работи Богомил Бонев разкрива, че следователи по делото за смъртта на Луканов са изпратили до него докладна записка срещу началника на следствието Бойко Рашков. Записката е изготвена година по-рано от главния секретар на МВР генерал Божидар Попов, който уведомява за нея тогавашния главен прокурор Иван Татарчев. Тя се основава на данни на тези, които са участвали в разкриването на убийството на Луканов, и в нея се посочва, че Бойко Рашков осуетява разкриването на този случай. Рашков е прикривал свой приятел – Райко Петров, заподозрян за участие в убийството. Татарчев е трябвало да провери доказателствата, да поиска обяснения от Рашков и ако доказателствата се потвърдят, да го отстрани от делото, твърди преди 22 години Богомил Бонев. Вътрешният министър смята, че Иван Татарчев е дал записката на Бойко Рашков и той в продължение на една година е организирал алибито си. Богомил Бонев заяви още мнението, че генерал Попов ще успее убедително да защити докладната си записка пред комисията, която е назначен по случая от Висшия съдебен съвет (ВСС).
Историята помни и как няколко месеца по-късно Бойко Рашков е предложен за главен прокурор от Висшия съдебен съвет. Президентът Петър Стоянов обаче не подписва указа за назначението му. През юни 1999 г. правосъдният министър Васил Гоцев предлага на ВСС да понижи в длъжност Рашков до редови следовател заради лоша оценка за работата на следствието, получена след проверка на службата от съдебния инспекторат към МС. Съдът не гласува предложението на министъра поради липса на достатъчно доказателства и Рашков не е понижен в длъжност.
